Overijse dankt zijn naam aan de rivier die door de gemeente vloeit: de IJse. De oudste benaming, ISCA, vinden we terug in de oorkonde die dagtekent van 832. Het woord Isca is van Keltische oorsprong, werd gelatiniseerd en betekent water.

Overijse heeft een bewogen geschiedenis, met periodes van verval, maar vooral grote bloei. Tussen 1001 en 1005 verwerft de gemeente - Dankzij hertog Otto van Lotharingen, een eerste keure. Daardoor werden de inwoners vrijgesteld van lepelrecht op de verkoop van graan op de Brusselse markt.

In 1234 schenkt hertog Hendrick I de poorters van Overijse de vrijheidskeure. De poorters van Overijse staan daardoor op gelijke voet met de poorters van Brussel, Leuven en Waver, drie van de voornaamste toenmalige steden van Brabant.

De intrede van de beruchte Heren van witthem, in 1345, luidt een periode van verval in. Hoogtepunt was 1488, toen het dorp platgebrand werd door de troepen van Maximiliaan van Oostenrijk. Drie à vierhonderd inwoners kwamen om in de kerk. Omstreeks 1500 ook begint het verval van de wijnbouw.

Na deze vernieling kent het 16-eeuwse Overijse een zekere Renaissance. De dorpskom wordt herschapen in een reusachtige bouwwerf. Er wordt gewerkt aan het Sint-Hubertusgasthuis en de befaamde bouwmeesters, vader en zoon Keldermans, ontwerpen de Halle.

Overijse kent ook een bloeiperiode van het Humanisme, dankzij Overijses beroemdste zoon Justius Lipsius (1547-1606) Deze filoloog en humanist staat vandaag nog in de belangstelling van de internationale wetenschap.

Op 10 oktober 1677 werd Overijse tot Prinsdom verheven ten gunste van Eugeen-Maximiliaan van Horne. Overijse gaat bewogen tijden tegemoet. Onder Frans bewind, tot en met het Hollands Regime, verliezen de nazaten van de familie Horne - de Salma - het Prinsdom. Als zij het oud-Prinsdom Overijse weer in handen krijgen, zien zij zich verplicht het in 1817 openbaar te verkopen. In 1832, als dank voor het zenden van vrijwilligers naar Brussel, met de Belgische onafhankelijkheidsstrijd in 1830, krijgt Overijse een erevaandel, de Belgische driekleur met horizontale stroken. In 1840 verleent Koning Leopold I aan de gemeente de machtiging een wapenschild te voeren.

Op 5 december 1984 krijgt Overijse een nieuwe officiële vlag. Ze wordt als volgt omschreven: Geel met blauwe ongebladerte tros van zes druiven 3-2-1 geplaatst, lambdavormig gesteeld en getakt. De zes druiven symboliseren de samenstelling van de gemeente: een centrum en 5 gehuchten. Steel en takje doen denken aan de voorgevel en de nok van een serre.

De druiventeelt in Overijse speelt al eeuwen een hoofrol in de gemeente. In 1903 blijkt uit een verslag van de gemeenteraad, dat het grootste deel der voortbrengselen (uit serres) te Brussel verkocht worden en dat men ook verzendingen doet naar andere grote steden. Enige grote druivenkwekers voeren ook uit naar Engeland, Duitsland en zelfs Amerika en Rusland. In de twintiger jaren wordt Overijse - samen met Hoeilaart - dankzij de druiventeelt de rijkste gemeente van België.

De Internationale instelling en de Europese gedachte van Overijse wordt belichaamd door verbroederingsbanden met Bruttig an der Mosel in 1958, Bacharach am Rhein sedert 1959, met Mâcon sedert 1960 en Lecco sedert 1980 en met Modra sedert 1994.